据报告显示，由粤港澳政府共同出资成立运营管理公司“大桥管理局”，主要承担大桥招标、设计、建设和运营管理等具体工作。参与报告的消息人士透露，大桥运营期间耗费支出非常大，主要包括运营管理公司的管理费用、大桥的日常护理费以及大修费三大部分。

　　其中，参考粤港澳现有高速公路运营公司等管理成本，报告测算“大桥管理局”需设置包括管理、生产、后勤等职位约二百一十人，年均工资及福利花费达一千七百五十万元；而公司综合事务费将囊括办公、会务、年审、水电、监测等支出，每年约花费一千九百五十万元。

　　十年需大修一次

　　而鉴于大桥规模较大、投资费用较高及相比公路护理更为复杂，大桥的日常护理费囊括机电系统、桥梁及海底隧道等庞大支出，其中测算仅桥隧主体工程全线用电量高达二万千瓦，按机电设备日常只开启七成计算，每年约需电费达九千五百万元；而预计桥梁护理费用单价较香港快速道路每公里五十六万港元还昂贵，每公里达六十万元；而海底隧道运营维护费则要按照隧道设施总投资的一成考虑。因此，仅大桥桥梁及隧道的每年日常护理费共超过五千万元。

　　消息人士称，按照桥梁及隧道的配套设施设计使用寿命，大桥将每十年要进行一次大修，其中桥梁大修内容包括路面罩面、换拉索、桥柱防撞及防腐等，而隧道则包括通风、照明等设备全部更换及隧道路面的翻新，测算每次大修费用共需五亿九千七百万元，这意味着每年要筹备大修费达五千九百七十万元。

　　每年料增百分之二

　　按目前已敲定的大桥主体融资安排，大桥主体工程采用“政府全额出资本金，资本金以外部分由港粤澳三方共同组建的项目管理机构通过贷款解决”方式；而据目前的财务评价研究结论，估计大桥建设营运三十四年半后可还清贷款。消息人士说，按内地《收费公路管理条例》规定，收费公路在还清贷款后必须终止收费，但大桥日常运营成本巨大，而且每年费用增长百分之二，预算年均运营成本将由初期的约四亿六千万元，到还清贷款时增至近五亿八千万元。

　　“因此，收费还贷期限届满后，运营费用如何解决将成为大桥项目面临的最主要难题。”消息人士表示，报告提出，若由粤港澳三方政府直接承担，将无疑会增加政府的财政压力。而考虑到大桥跨三地的特殊性，参考香港和国外类似项目的运作模式，建议中央特批大桥可继续收费，但收费标准将大大降低，以项目收费收入与项目营运支出基本平衡为目标。