1.对水资源的开发无节制

　　农业水利工程项目自然涉及到对水资源的开发与利用，这就面临着一个很重要的问题，那就是无节制地开发水资源。水是生命之源，水资源是人类生存与发展不可或缺的重要自然资源，某种程度上说，水资源被过分开发后是无法在短时间内获得再生的，至少要几十年甚或几百年的时间。人类的很多农业水利工程项目都在无形中破坏了水资源本身的生态平衡，因为水资源在自然界中存在一定的循环以保持一种自然状态的平衡，比如地下水渗入、水汽的蒸发，还有湖泊洼地等，虽然看起来是不起眼的，但都与周围的生态环境密切相关，在对周围生态系统产生重要影响。一旦它们的存在状态被改变，将会导致一系列连锁的后果。有些地区为了灌溉用水往往修建排水渠等水利项目，将近边的小河或是湖泊的水引入农田，干旱时人们对水量的需求是非常大的，于是开始为了自身利益无节制引用水资源，导致了很多河水与湖泊出现了干涸，原本丰美的草原变成了沙地，不仅造成了沙尘暴的肆虐，也给北方地区人们的生活造成了不良影响。

　　2.土地盐碱化问题

　　除了对水资源的过分开发与利用之外，土地盐碱化也是很多农业水利工程所导致的突出问题。这是由于一些工程项目在修建时对地址结构的考察不到位，对于工程位置的选择不够科学、合理，就很容易导致库岸的大面积崩塌，一旦诱发地震，就可能导致地下水位的上升，久而久之，土地盐碱化问题就形成了。土壤盐碱化以后，明显表现就是土壤板结和肥力下降，多数作物在盐碱地上是无法正常生长的，久而久之会对农业发展造成十分不良的影响。

　　3.对生物繁殖的破坏

　　以三峡水利工程来说，水库的用途是多方面的，农业用途只是其中的一个内容，此外还可以用于发电、治理水患等，三峡水利工程给人们带来的利益是显而易见的，但与此同时，它也导致了一些问题的出现，很典型的一例就是对一些水生生物的生存造成了不可挽回的影响。现在调查已经表明的一些受到严重影响的生物就包括白鲟、白鳍豚、长江鲟、中华鲟。胭脂鱼与江豚等[1].三峡大坝的存在掐断了鱼类回到上游产卵的通道，很多鱼儿的生活习性就是要回到上游的出生地才会繁衍生殖，如此一来，不仅每年都有很多鱼类为了产卵撞亡在大坝上，更严重的是鱼儿的数量在急剧减少，白鳍豚甚至因此而灭绝，成为人类永远的遗憾，这也是人类的水利工程给生态系统造成巨大破坏的典型案例。

　　4.环境污染

　　粗放型施工会给环境造成污染，这不仅是农业水利工程项目容易出现的问题也是所有工程项目所具有的通病。问题就在于很多不是很专业的施工队伍往往也能够参与到具体的建设环节，“一包”、“二包”甚至“三包”、“四包”的工程转包使很多良莠不齐的施工队伍最终成了工程的主要建设者，不仅施工技术质量得不到保障，更严重的是建设者为了追求更高的利益在工程用料的采购上也可能会偷工减料，以次充好，不仅给工程带来了严重的质量隐患，而且也给环境造成了一定的污染。

　　5.对社会环境造成影响

　　水利工程项目不仅会对自然环境造成破坏也容易对社会环境造成影响。具体表现在移民问题与耕地补偿上，施工时，_旦涉及到这两个问题，需要做的工作是系列式的，不仅需要对相关的民众进行妥善的安置，还要耕地的占用做出合理的补偿，并做好沟通协调工作等。然而事实上处理的方式往往并不得当，一旦安排不当，会导致很多社会问题的出现。