三峡工程正由建设期向运行期过渡，三峡水库各种资源开发利用活动日趋频繁，有关水库管理的问题逐渐增多。为加强三峡水库管理，水利部制定了《三峡水库调度和库区水资源与河道管理办法》，用于汛期的防洪调度以及汛前消落期、汛后蓄水期和枯水运用期的水量调度，三峡水利枢纽工程管理和安全运行的监督，三峡库区水资源和河道的管理以及水行政监督检查等。

    该办法规定，长江水利委员会按照法律、行政法规规定和水利部的授权，负责三峡水库水量的统一调度和库区水资源与河道管理工作。重庆市、湖北省县级以上地方人民政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内三峡库区水资源和河道管理工作。

    三峡水库的防洪调度，服从国家防汛抗旱指挥机构和长江防汛抗旱指挥机构的调度指挥和监督管理。年度汛期调度运用计划，应经长江防汛抗旱指挥机构审查同意后，报国家防汛抗旱指挥机构批准。三峡水利枢纽管理单位具体负责三峡水库防洪调度的实施。三峡水库的发电与航运调度应当服从防洪调度。

    三峡水库的水量分配与调度，应当首先满足城乡居民生活用水，并兼顾农业、工业、生态与环境用水以及航运等需要，注意维持三峡库区及下游河段的合理水位和流量，维护水体的自然净化能力。

    直接从三峡库区取用水资源的，应向有关县级以上地方人民政府水行政主管部门或者长江水利委员会申请领取取水许可证，缴纳水资源费。三峡库区水资源保护规划由水利部组织编制，报国务院批准。

    在三峡水库管理和保护范围内禁止从事下列活动：围垦库区；倾倒垃圾、渣土；在25度以上陡坡地开垦种植农作物；弃置、堆放阻碍行洪的物体；种植阻碍行洪的林木和高秆作物；其他可能危害水库安全的行为。