近年来，重庆环境监测队伍不断强化环境质量监测、提高环境监测能力，目前可涵盖环境空气、降水、地表水、集中式饮水源地、噪声和振动、固体(土壤、底质、植物、生物残留体、固体废物、煤质)、生物、辐射和废水、废气、室内空气等方面的监测。监测类别涉及环境质量监测、污染源监测、验收监测、污染事故应急监测等。2006~2009年共完成监测数据量约400万个，为重庆市环境管理、环境决策提供了科学参考。

　　在三峡工程175米试验性蓄水期间，重庆市经过加密监测，及时掌控了水环境动态。同时组织市环境监测中心和巫山、奉节、万州等18个区县监测站对境内长江、嘉陵江、乌江干流19个断面和长江36条一级支流80个断面地表水、库区集中式饮用水水源地进行了6次水质同步加密监测，及时了解和掌握了三峡工程175米试验性蓄水期间水质变化情况，为确保试验性蓄水工作的正常进行奠定了基础，为试验性蓄水期间饮用水水源地水质安全和库区水质安全提供了技术保障。

　　为保护大气质量，重庆市在主城区开展了臭氧、PM2.5、灰霾等变化趋势监测，并进行了数据综合分析，形成了《臭氧监测试点综合报告》、《灰霾监测试点综合报告》，为让市民呼吸更清新的空气进一步打下了基础。

　　重庆市目前已建成空气自动站45个，实现了40个区县城镇空气质量日报。建设空气质量监测超级站1个(包括灰霾、臭氧、有机物等45个监测项目)，并利用激光雷达实现了对空气质量的“天地一体化”研究性监测。建成水质自动站9个，环境噪声自动站21个，有效地实现了预警功能，环境监测能力大大提升，为让群众在良好的环境中生产生活提供了保障。